XV საუკუნეში, როცა ერთიანი საქართველო საბოლოოდ დაიშალა, აღმოსავლეთ საქართველოში დაიწყო ახალი პოლიტიკური ისტორია. კახეთში ადგილობრივმა დიდებულებმა მეფედ მოიწვიეს გიორგი VIII, რომელიც კახეთში გიორგი I-ის სახელით გამეფდა. ამ გადაწყვეტილებით საფუძველი ჩაეყარა ბაგრატიონთა კახეთის დამოუკიდებელ შტოს. ეს არ იყო უბრალოდ ტახტის გადანაწილება — ეს იყო მცდელობა, ქაოსის ფონზე სახელმწიფოებრიობა გადაერჩინათ.
მისი მემკვიდრე, ალექსანდრე I, უკვე გააზრებულ პოლიტიკას ატარებდა. მან კახეთი დიპლომატიური სიფრთხილით მართა, ირანსა და მეზობელ ძალებთან ფრთხილი ბალანსი დაიჭირა და ქვეყანას ეკონომიკური ამოსუნთქვის საშუალება მისცა.
XVI საუკუნეში კახეთი ნამდვილ აღმავლობას განიცდიდა. განსაკუთრებით ლევან მეფის დროს ქვეყანა აქტიურად ჩაერთო სავაჭრო ქსელებში, გრემი დედაქალაქად იქცა და რეგიონი კულტურულ ცენტრად ჩამოყალიბდა. მაგრამ ისტორია იშვიათად ტოვებს წარმატებას შეუმოწმებლად.
XVII საუკუნეში შაჰ-აბასის შემოსევებმა კახეთი გაანადგურა. ასიათასობით ადამიანი გადაასახლეს, სოფლები დაიწვა, ეკონომიკა ჩამოიშალა. ეს იყო გამოცდა, რომელმაც კახეთის სამეფო თითქმის წაშალა რუკიდან.
ამ ტრაგედიის სიმბოლოდ იქცა თეიმურაზ I — მეფე, რომელიც ერთდროულად იყო მეომარი და პოეტი. მან დაკარგა დედა, ქეთევან დედოფალი, რომელიც ირანში აწამეს, მაგრამ ბრძოლა არ შეუწყვეტია. სწორედ მის ეპოქაში გაჩნდა იდეა, რომ საქართველოს გადარჩენა ახალი მოკავშირის — რუსეთის — დახმარებით შეიძლებოდა.
კახეთის შტოს უდიდესი ფიგურა უდავოდ იყო ერეკლე II. მან მამასთან, თეიმურაზ II-სთან ერთად ჯერ ქართლი დაიბრუნა, შემდეგ კი 1762 წელს ორი სამეფო გააერთიანა. ეს იყო ისტორიული ნაბიჯი — საუკუნეების შემდეგ აღმოსავლეთ საქართველო ერთიან მმართველობაში მოექცა.
ერეკლე არ იყო მხოლოდ მახვილიანი მეფე; ის რეფორმატორი იყო. შექმნა რეგულარული ჯარი, გააძლიერა ცენტრალური ხელისუფლება და ევროპული ტიპის სახელმწიფოს ჩამოყალიბებას შეეცადა. თუმცა გეოპოლიტიკური რეალობა მძიმე იყო — ირანი, ოსმალეთი და ჩრდილოეთიდან მომძლავრებული რუსეთი.
ბოლო მეფე, გიორგი XII, უკვე დაშლილი სახელმწიფოს მართვას ცდილობდა. შიდა დაპირისპირებამ და საგარეო საფრთხემ ის რუსეთის მფარველობისკენ უბიძგა. მაგრამ 1801 წელს რუსეთის იმპერატორმა ალექსანდრე I-მა ქართლ-კახეთის სამეფო გააუქმა.
ასე დასრულდა კახეთის ბაგრატიონთა მმართველობა. თუმცა მათი ისტორია მხოლოდ დამარცხება არ არის. ეს არის ისტორია გამძლეობაზე, პოლიტიკური რეალიზმისა და მუდმივი მცდელობისა — საქართველო ერთიან სახელმწიფოდ დარჩენილიყო მაშინაც კი, როცა მსოფლიო ძალები მის დაშლას ცდილობდნენ.