ილია II, ერისკაცობაში ირაკლი ღუდუშაური-შიოლაშვილი, დაიბადა 1933 წლის 4 იანვარს ვლადიკავკაზში. იგი გაიზარდა მორწმუნე და ტრადიციების ერთგულ ოჯახში, რამაც დიდი გავლენა მოახდინა მის პიროვნებაზე. ბავშვობიდანვე ჩამოუყალიბდა სულიერი ხედვა, რომელიც შემდგომში მისი ცხოვრების მთავარი მიმართულება გახდა.
განათლება მიიღო მოსკოვში, სასულიერო სემინარიასა და აკადემიაში, სადაც საფუძვლიანად დაეუფლა თეოლოგიას. სწორედ აქ დაიწყო მისი გზა ეკლესიის მსახურებაში. 1977 წელს ილია II აირჩიეს სრულიად საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქად. ეს იყო რთული პერიოდი, როდესაც ეკლესია ფაქტობრივად დასუსტებული და შეზღუდული იყო.
განსაკუთრებით მნიშვნელოვანი იყო მისი როლი დამოუკიდებელი საქართველოს ჩამოყალიბების პროცესში. 1990-იანი წლების მძიმე კრიზისების დროს, ილია II-ის სიტყვა და ავტორიტეტი ბევრისთვის იმედისა და სიმშვიდის წყარო გახდა. იგი მოუწოდებდა საზოგადოებას ერთიანობისკენ, სიყვარულისკენ და რწმენისკენ.
2007 წელს პატრიარქმა მიიღო ისტორიული გადაწყვეტილება — განაცხადა, რომ პირადად მონათლავდა ყოველი მესამე და მომდევნო შვილის ოჯახში. ათასობით ოჯახმა გადაწყვიტა მესამე შვილის გაჩენა, რადგან მათთვის განსაკუთრებული მნიშვნელობა ჰქონდა, რომ მათი შვილი პატრიარქის ნათლული გამხდარიყო. შედეგად, საქართველოში შობადობის მაჩვენებელმა ზრდა დაიწყო.